Год он служит в этой должности, а затем его по протекции того же Варенцова зачисляют на высшие инженерные курсы, где обучали обслуживанию ракетных установок, которые находились на вооружении Советской Армии в тот период. В отличие от персонажа армейского анекдота, который, попав к врагу в плен, не смог, несмотря на все изощренные пытки, ответить ни на один вопрос, и в отчаянии воскликнувший: „Говорил же мне, дураку, старшина: „Учи матчасть — пригодится“, Пеньковский учился старательно. Однако практическое обслуживание ракетных установок его мало заботило. Он мечтал вернуться в ГРУ.

Снова Варенцов помог, обратился с ходатайством к Серову. Серов пошел навстречу. Правда, когда он затребовал характеристику и представление на Пеньковского, то испытал не очень приятные чувства. В служебной характеристике за период его работы в Турции было указано: „Мстительный, злобный человек, беспримерный карьерист, способен на любую подлость“.

„С такой характеристикой я не могу восстановить!“, — написал Серов на заключении. Кадровики поняли своего начальника. Они переписали представление, и генерал армии уже со спокойной совестью начертал на нем: „Утверждаю“.

Но в „поле“ Пеньковский не попал. Хотя предложение послать его военным атташе в Индию было. Однако чья-то осторожная рука его от этой поездки отвела. Место же ему нашли в Государственном комитете при Совете Министров СССР по координации научно-исследовательских работ (ГК по КНИР) и определили туда в качестве офицера „действующего резерва“. Одной из главных задач комитета было налаживание международных контактов в научно-технической и экономической сферах. Говоря другими словами, это учреждение организовывало визиты многочисленных советских делегаций на Запад, а также иностранных ученых, инженеров и бизнесменов в Советский Союз. На новом месте Пеньковский якобы должен был добывать информацию о последних достижениях в области западных ракетных вооружений.

Но мы уже знаем, что в то время действительным намерением „обиженного“ Пеньковского было не добывать секретную информацию, а „сливать“ ее. Попытка подхода к американцам не удалась. Пеньковский предпринял еще одну: письмо с предложением о сотрудничестве он передал канадскому дипломату, а тот, в свою очередь, сотрудникам английской разведки.